המרכז הרפואי שערי צדק הינו מרכז טראומה אזורי עם יכולות קליניות של מרכז-על לטיפול בפצועי טראומה. פציעות טראומה הן פגיעות גופניות שנובעות כתוצאה מאנרגיה חיצונית הפוגעת בגוף האדם כגון: תאונות דרכים, נפילות, פציעות חודרות שונות וכוויות. 
המרכז הרפואי שערי צדק ממוקם בלב ליבה של העיר ירושלים ושוכן על צירי הפינוי הראשיים דרך בגין ושדרות הרצל. המיקום האסטרטגי הופך אותו ליעד פינוי מועדף לפצועי טראומה עם פציעות קשות רב-מערכתיות הדורשות התערבות רפואית דחופה ומצילת חיים. המרכז משרת את אוכלוסיית העיר ירושלים והישובים בגזרות גוש עציון, מטה יהודה ומטה בנימין וכן פצועים מהרשות הפלסטינאית.
יחידת הטראומה של המרכז הרפואי שערי צדק טיפלה באלפים רבים של פצועים מפיגועי טרור, תאונות קשות ואסונות מקומיים והפכה להיות בחוד החנית, כחלק ממערך החירום של העיר ירושלים, בטיפול בפצועים, בהדרכת צוותי ההצלה ובהיערכות לאירועים עם מספר רב של נפגעים. 



במרכז הרפואי שערי צדק מאושפזים מדי שנה מעל ל-2500 פצועי טראומה, כאשר אחד מתשעה מהם הוא פצוע עם פציעה מורכבת או רב-מערכתית. הטיפול הרב-תחומי בפצועים אלו מנווט ע"י מנהל יחידת הטראומה וכולל פרוצדורות מקצועיות בטכנולוגיות חדשניות ומתקדמות בכל תחומי הרפואה: המחלקה הנוירוכירורגית לפגיעות ראש, מחלקת אף-אוזן-גרון והיחידה לניתוחי פה ולסת לפגיעות פנים, המחלקה האורתופדית לפגיעות שלד ובתוכה היחידה לעמוד שדרה לפגיעות צוואר וגב, המחלקה לכירורגיה כללית וכירורגית חזה לפגיעות באיברים פנימיים, והיחידות לכירורגית כלי-דם ורדיולוגיה פולשנית המטפלות בפגיעות בכלי דם. בכולן מתבצעות פרוצדורות זעיר-פולשניות במידת האפשר, מהמתקדמות בעולם הרפואה.  
הטיפול בפצוע הטראומה מתחיל בחדר הטראומה וההלם של המרכז לרפואה דחופה המצויד בארבע מיטות עם ציוד ניטור מתקדם. בחדר ההלם מבוצעות פעולות ראשונות מצילות חיים ע"י צוות התורנים והכוננים מהמרכז לרפואה דחופה ומהמחלקות הכירורגיות. לאחר ייצוב ראשוני הפצוע מועבר להמשך בדיקות הדמיה מתקדמות במרכז הדימות החדיש הצמוד לחדר ההלם, או להמשך טיפול מתקדם בחדר הניתוח או ביחידה לטיפול נמרץ.
פצועי הטראומה מאושפזים בכל מחלקות בית החולים לפי אפיון פציעותיהם, כאשר הפצועים הרב-מערכתיים מאושפזים במחלקה לכירורגיה כללית ב'. במחלקה קיים צוות תומך הכולל עובדות סוציאליות, פסיכולוגים המתמחים בטראומה, צוות פזיותרפיה וריפוי בעיסוק, צוות רפואת כאב וצוות סיעודי המיומן בטיפול בפצועים אלו.



יחידת הטראומה מורכבת ממנהל היחידה, כירורג כללי, בוגר שנתיים תת-התמחות במרכז הטראומה ריידר במיאמי, פלורידה. מתאמת טראומה, אחות מנוסה שהוכשרה בקורס מתאמות ארצי, שתפקידה כולל קשר עם הפצועים ומשפחותיהם, קשר עם גורמי ההצלה (מד"א, צה"ל), תחקור ובקרת איכות הטיפול, והוראת הצוותים המטפלים של בית החולים. רשומות טראומה מקיימות ניהול רישום ודיווח למאגר נתונים ארצי על כל פצוע טראומה מאושפז, כחלק מדרישות משרד הבריאות.
היחידה מקיימת פעילות אקדמית ומחקרית הכוללת בין היתר: פורום טראומה חודשי רב משתתפים בו מוצגים מקרים מורכבים שטופלו במרכז הרפואי, השתתפות והצגה בישיבת וידאו בינלאומית בהובלת מרכז הטראומה במיאמי בה מוצגים מקרי טראומה מנסיונם הקליני של מרכזים רפואיים מכל העולם, סדנאות טיפול בטראומה לצוותי בית החולים ולצוותי ההצלה מחוץ לבית החולים, הוראת סטודנטים ומתמחים ופרסום בכתבי העת הרפואיים.