לעיתים, במקרים של שלשול כרוני או כאב בטן לא מוסברים, דימום, חוסר עלייה במשקל, חשד למחלת כרסת (צליאק), בעיות ספיגה וצרבות קשות, יש צורך בביצוע בדיקה אנדוסקופית של מערכת העיכול. במסגרת בדיקה זו, מוחדר למעי צינור העשוי מסיב אופטי גמיש ובקצהו מצלמה. כך מתאפשרת הסתכלות באיכות מעולה על רירית מערכת העיכול ולקיחת ביופסיות בעת הצורך. 
ביחידה מבוצעות בכל שנה למעלה מ-600 פרוצדורות אנדוסקופיות בילדים כולל קולונוסקופיות, גסטרוסקופיות, הכנסת צינור הזנה קיבתי וביופסיות רקטליות החל בפגים במשקל של פחות מ-2 ק"ג ועד גיל 18 שנים. כל הפעולות האנדוסקופיות מבוצעות בטשטוש עמוק על ידי מרדים מוסמך בעל ניסיון רב עם ילדים כך שהפרוצדורה תעבור ללא כל כאב או חרדה. ברוב המקרים הטשטוש יתחיל על ידי מסיכת גז בטעם תות, אך כל מקרה עובר הערכה פרטנית על ידי הצוות המטפל. 
הילדים מחכים לאנדוסקופיות בחדר המתנה מיוחד לילדים שנפתח לאחרונה ובו משחקים, מחשב, סרטי די-וי-די ופעילויות עם חיות. הכנה לקראת ההרדמה ניתנת בחדר על ידי צוות בית הספר של מחלקת ילדים. הכל נועד להבטיח שהילד נכנס לפרוצדורה מוכן נפשית וללא חרדות.