מחלות מעי דלקתיות כוללת 2 סוגים עיקרים של מחלות- מחלה ע"ש קרוהן (Crohn's Dis) ודלקת כיבית של המעי הגס (Ulcerative Colitis). כאמור, הטיפול העיקרי במחלות אלו מתבצע ע"י רופא גסטרואנטרולוג, אך, במצבים מסויימים נדרשת התערבות ניתוחית, לדוגמא:
מצבים דחופים – כגון דימום חריף, התנקבות של דופן המעי, חסימת מעי או דלקת סוערת שאיננה מגיבה לטיפול שמרני.
ניתוחים אלקטיבים – לדוגמא, מצבים בהם ישנה עמידות לטיפול תרופתי, חוסר סבילות לטיפול התרופתי, תלות בסטרואידים, חסימת מעי חלקית וחוסר שגשוג (FTT).
לעיתים אף במקרה שבו מתקבל הרושם שניתוח פשוט יחסית יכול לשנות באופן משמעותי את מהלך המחלה, בהסתמנות ובטיפול התרופתי הנדרש.