לקראת הניתוח תקבלו הנחיה לגבי צום לשתיה ולאכילה, תקבלו הדרכה להגיע אל המחלקה ומשם תועברו אל חדר הניתוח.
הניתוח נעשה בהרדמה כללית, הגישה הניתוחית היא דרך חתך במפשעה , זיהו התעלה המפשעתית, ושק הבקע העובר בתוכה. קשירת שק הבקע סמוך למוצאו וכריתתו.
עם סיום הניתוח הילד מתעורר ומועבר להשגחה במחלקת התאוששות. כשמתאושש מהניתוח הוא מועבר להמשך השגחה במחלקה - שם יוכל לאכול ולשתות. לאחר מספר שעות השגחה בהם הילד ערני וחיוני, כלכלה חודשה ללא קושי ונתן שתן היטב תשתחררו לביתכם.