חלק גדול מפעילות המחלקה מתמקד בניתוחי מפשעה לצורך תיקון הידרוצלה או בקע מפשעתי (הרניה). מדובר בבעיה שכיחה ביותר בקרב ילדים, אשר דורשת לעתים התערבות מיידית על מנת למנוע סיבוכים רציניים.
הידרוצלה אצל ילד באה לידי ביטוי בהצטברות של נוזלים סביב האשך. בתקופת ההיריון אשך העובר נמצא בתוך בטנו. האשך מתחיל לרדת אל תוך שק אשכים בשבוע ה-28 של ההיריון. התעלה המפשעתית דרכה יורד האשך אל תוך שק האשכים אמורה להיסגר כ-72 שעות לאחר הלידה. אצל 20% מן הילדים התעלה נשארת פתוחה גם לאחר 72 שעות ולמעשה מחברת בין שק האשכים לבין חלל הצפק. מכיוון שבתוך חלל הצפק תמיד מצוי נוזל, עובר נוזל זה מחלל הצפק דרך התעלה המפשעתית אל תוך שק האשכים. ברוב המקרים, אם תעלה זו לא נסגרת לאחר הלידה, היא תיסגר במהלך השנה הראשונה. אם התעלה נשארת פתוחה גם לאחר תום שנת חייו הראשונה של הילד, עליו לעבור ניתוח לסגירת התעלה על מנת למנוע סיבוכים אפשריים כגון חדירה של תוכן חלל הצפק (כמו לולאה של המעי) אל תוך התעלה, מצב שעלול לגרום לבקע כלוא ודורש טיפול דחוף.
אם הוחלט על ניתוח, יעבור הילד ניתוח בהרדמה כללית במסגרת של אשפוז יום. הניתוח מבוצע דרך חתך של 2 ס"מ באזור המפשעה ובמהלכו קושרים את התעלה המפשעתית המחברת את שק האשכים וחלל הצפק תוך שמירה על תעלות הזרע וכלי הדם של האשך. בתום הניתוח החתך נסגר באמצעות דבק המאפשר להגיע לתוצאות קוסמטיות משביעות רצון. הילד רשאי לשוב לפעילות רגילה (חזרה לגן או לביה"ס) לאחר ימים ספורים. ניתן להרטיב את החתך למחרת הניתוח. את הפלסטר/התחבושת ניתן להסיר לאחר 5 ימים אם לא נשר עצמאית לאחר הרחצה.
הופעה של אודם בפצע או הפרשות מוגלתיות מאזור הניתוח מחייבים פנייה מיידית לחדר מיון או למרפאת אורולוגיית ילדים כדי לקבל טיפול בזיהום אפשרי באזור הניתוח. אם בתוך התעלה המפשעתית או סביב האשך ישנן לולאות מעיים, אזי מדובר בבקע מפשעתי ולא בהידרוצלה. במקרים אלה מבוצע ניתוח מיד עם אבחון הבקע, כדי למנוע כליאה של לולאות מעי בתוך התעלה המפשעתית. הניתוח מבוצע באופן דומה לניתוח ההידרוצלה ואף ההמלצות בנוגע לטיפול לאחר הניתוח דומות.