במכון הריאות מרפאות ייעודיות לטיפול במחלות ריאה הקשורות לעישון אקטיבי או פסיבי, מרפאה ייחודית לגמילה מעישון - המשלבת רופא ריאות, פסיכולוג, דיאטנית ומטפלת נשימתית, מרפאת אסתמה, מרפאה לטיפול ב- COPD מחלות ריאה חסימתיות כרוניות (נפחת), מרפאת יתר לחץ דם ריאתי, מרפאת גידולי ריאה (הכוללת טיפולי לייזר בתוך הסמפונות להקלה על הכאב ועל קוצר נשימה), מרפאה לטיפול בזיהומים ריאתיים חוזרים, מרפאת מעורבות ריאתית של מחלות סיסטמיות ומרפאה שיקומית לשיפור סיבולת המאמץ של חולים במחלות ריאתיות כרוניות.