המכון לפתולוגיה במרכז הרפואי שערי צדק הוא מרכז החלטות קליניות עיקרי בבית החולים. לאחר כל ניתוח, ביופסיה אבחנתית ואף הליכים שונים המתבצעים במרפאות נשלחות דגימות רקמה לבדיקה ע"י פתולוג ורבות מהאבחנות ומההחלטות הטיפוליות הנובעות מהן מבוססות על ממצאי הבדיקה הזו.
המכון לפתולוגיה מטפל כל שנה ביותר מ-40,000 דגימות והמספר הזה נמצא בעלייה מתמדת בשל תהליכי הצמיחה המואצת שעובר המרכז הרפואי. מחלקות ותחומים חדשים המתווספים לבית החולים מציבים לעובדי המכון אתגרים אבחנתיים חדשים.
במקביל עובר גם מקצוע הפתולוגיה שתי מהפכות משמעותית - המהפכה הדיגיטלית והמהפכה המולקולרית. טכנולוגיות חדשות מאפשרות לקבל מהרקמה מידע רב בהרבה מבעבר, לבחון DNA ו-RNA ברקמת המחלה ולהגיע להחלטות מדויקות יותר לגבי האבחנה, הצפי והטיפול המיטבי. התחום המכונה "רפואה מותאמת אישית" מבוסס כולו על אבחנה פתולוגית ממוקדת, המושגת בטכנולוגיות חדישות.
תהליכים רבים בעבודה הפתולוגית ממוחשבים לחלוטין, החל מתהליכי סימון הרקמה, הכנתה ועיבודה, וכלה בהכנת תמונות ממוחשבות של התמונה המיקרוסקופית המתקבלת. צוות המכון פיתח את היכולת להכין חתכי ענק (Wholemounts) בסריקה דיגיטלית, שמאפשרת למפות גושים ברקמה רבת-גידולים, ותאפשר לבחון באופן אופטימלי מתאם רנטגני-פתולוגי.
שיתוף הפעולה הנוצר בין המכון לפתולוגיה לבין המכון לגנטיקה רפואית בשערי צדק הוא יחיד מסוגו בישראל. בזכותו מתאפשרת אנליזה אופטימלית של חומצות גרעין מתכשירים פתולוגיים בטכניקות המתקדמות שבשימוש במכון הגנטי. בנוסף משתמשים במכון לפתולוגיה בסוגים שונים של בדיקות מולקולריות על מנת לקבוע רצפי חומצות גרעין של גידולים שונים באמצעות ריצוף מסיבי מקבילי (NGS - Next Generation Sequencing). רבות מהבדיקות נעשות בדגימות קטנות שבהן יש מעט מאד תאי גידול, ולכן פותחו במכון שיטות ייחודיות לשימוש בחומר פתולוגי מועט ולמחזור חומר של תתקינים פתולוגיים. אלה מאפשרים ביצוע בדיקות מולקולריות מתוחכמות בדגימות שלא ניתן לבדוק במקומות אחרים.
עם זאת, אחת המשימות החשובות והנפוצות שבעבודת הפתולוג הייתה ונשארה בדיקת ביופסיה. זוהי בדיקה קפדנית של קטעי רקמות הנלקחים מהחולים לשם אבחון מחלות (גידולים ממאירים ושפירים ומחלות אחרות). לתוצאות הבדיקה השפעה רבה על אופי הטיפול שיינתן לחולה. לאחר קבלת הרקמה על ידי רופאי המכון, הרקמה נחתכת למשטחי בדיקה. הבדיקה עצמה נעשית בדרך כלל באמצעות מיקרוסקופ, אבל לעיתים קרובות נעשה שימוש גם בצביעות כימיות מסוגים שונים. הבדיקה וקביעת האבחנה נעשות על ידי הרופאים הבכירים של המכון.
על אף כל ההתקדמויות המושגות בתחום, הפתולוג הוא בראש וראשונה מורפולוג. ענייננו העיקרי נשאר בקביעת אבחנות נכונות ומדויקות למטופלי בית החולים תוך יישום של מגוון שיטות עבודה וטכניקות אבחנתיות.
לקבלת ממצאים פתולוגיים, על הרופא המטפל או רופא המשפחה לפקסס למכון מכתב בקשה חתום ובו פרטי המטופל/ת ופרטי הקשר של הרופא (כולל מס' פקס) לשליחת הממצאים.