מכון ה-MRI החדשני באגף הדימות שבמרכז הרפואי שערי צדק נפתח בתחילת 2012. טכנולוגיית ה-MRI Magnetic Resonance Imaging, (דימות תהודה מגנטית) היא הבסיס לשירות אבחנתי חשוב ביותר, הנמצא במרכזו של תהליך האבחון של מטופלים במגוון רחב של מחלות ופציעות.
פעולתו של הסורק מבוססת על שימוש בשדה מגנטי עוצמתי ביותר, כדי לתת תמונה מדויקת של רקמות ואיברים שונים בגוף. התוצר המתקבל מעניק לרופאים תמונת מצב מדויקת מבלי לחשוף את הנבדקים לקרינה הרבה הכרוכה באמצעי דימות אחרים כגון צילומי רנטגן ו-CT.
בשל עוצמת המשיכה של המגנטים שבסורקים, לשם שמירה על הבטיחות ממוקמים סורקי ה-MRI בתוך מרחבים מיוחדים המבטיחים את תיחום השדה המגנטי בתוכם. המפתח של הסורקים המוצבים בשערי צדק יותר גדול מהמפתח הסטנדרטי ועומד על 70 ס"מ.

הנבדקים מסירים מראש כל פריט מתכתי ובאזורים שבתחום השדה המגנטי של המכון מותקנים אמצעי אבטחה מיוחדים המבוססים על זיהוי טביעת אצבע על מנת להבטיח כניסה למורשים בלבד.

מכון ה-MRI מטפל כל יום במטופלים רבים. בין היתר מבצע המכון סריקות MRE (הדמיה של המעי הדק) והדמיות לב. המכון של המרכז הרפואי שערי צדק הוא בין היחידים בארץ שמבצעים הדמיות למטופלים בעלי קוצב לב.