אגף המעבדות הקליניות במרכז הרפואי שערי צדק כולל בתוכו מעבדות המבצעות בדיקות במגוון תחומי הרפואה : ביוכימיה, המטולוגיה, בנק הדם, אנדוקרינולוגיה, מיקרוביולוגיה, אפיון תאים, פריון הגבר, גסטרו, אימונולוגיה ווירולוגיה.
שירות - המעבדות הדחופות פועלות 24/7 ונותנות מענה למשך כל שעות היממה.
מעבדות השיגרה פועלות בבקרים 5 במהלך השבוע. המעבדות הינן חלק בלתי נפרד מפעילות בית החולים ומסייעות לצוותים
הרפואיים לתת שירות מקצועי לכלל המטופלים.
מחקר - המעבדות שותפות לפעילות במחקרים קליניים המבוצעים במרכז הרפואי.
מקצועיות - צוות המעבדות הינו צוות מקצועי ומיומן, בעלי תארים אקדמאים.
הצוות עובר הדרכות תקופתיות וימי עיון התורמים לידע המקצועי המתעדכן כל הזמן. הצוות מחויב למתן שירות מקצועי ברמה גבוהה ונרתם לשיפור מתמיד
באמינות התוצאות ובפיתוח בדיקות חדשות מתוחכמות ומודרניות.
ציוד - ציוד המעבדות הינו חדיש ואוטומטי, המותאם לטכנולוגיה המתקדמת
ומאפשר בקרה ושיפור תהליכים.
איכות - המעבדות פועלות על פי נהלים כתובים ותקנות משרד הבריאות,
בסטנדרטיים מקצועיים גבוהים. במעבדה מתבצעות בקרות איכות יומיות ובקרות חיצוניות - המעריכות את ביצועי המעבדה בהשוואה למעבדות אחרות בארץ ובעולם. כל המעבדות בעלות תקן ISO 9001-2015 ופועלות לפי דרישות קפדניות בכל תחומי האיכות.