רופאי המחלקה הגינקולוגית במרכז הרפואי שערי צדק מטפלים בכל מרכיבי מערכת הרבייה הנשית: במחלות שפירות וממאירות, בעיות וסת, אי-פוריות, וכן במצבים רפואיים הקשורים להריון וללידה. בנוסף מייעצים רופאי המחלקה לנשים בנוגע לטיפולים הורמונליים, אמצעי מניעה ובעיות ביחסי מין.
המחלקה עוסקת בכל תחומי הכירורגיה הרלוונטיים לנשים - אנדוסקופיה גינקולוגית, גינקו-אונקולוגיה הכוללת ניתוחים רדיקליים לטיפול בנשים הסובלות מגידולים ממאירים גינקולוגיים כגון סרטן ברחם או בשחלות, וניתוחים לטיפול לצניחת איברי האגן.
לצד מחלקת האשפוז פועלת היחידה לגינקולוגיה אמבולטורית, המרכזת את כל השירותים הגינקולוגיים שאינם דורשים אשפוז. אלה כוללים את המיון הגינקולוגי, מרפאות החוץ ואשפוז-יום כירורגי.
המרפאות הייחודיות, 16 במספר, מעניקות מגוון שירותים בתחום רפואת הנשים ומציעות מעקב וטיפול גינקולוגי ומילדותי בשלבים השונים של מעגל חיי האישה כגון מרפאת רצפת האגן, אורו-גינקולוגיה, אנדוקרינולוגיה גינקולוגית, מעקב הריון בסיכון ומרפאת נג"ה (מרפאה ייחודית לנשים שאובחנו כנשאיות המוטציה בגנים BRCA1 ו-BRCA2).
במסגרת אשפוז יום כירורגי מבוצעות פעולות שאינן דורשות אשפוז, ביניהן היסטרוסקופיה ניתוחית, ניתוחים לטיפול בממצאים בתוך חלל הרחם כגון שרירנים, פוליפים, שאריות שליה, מחיצות בחלל הרחם וכן גרידות, תפירה של צוואר הרחם, צריבת רירית הרחם ובדיקות שלא ניתן לבצען ללא הרדמה קצרה.
במחלקה עצמה מתבצעים כל הניתוחים הדורשים אשפוז, ביניהם כריתת רחם רגילה או רדיקלית בגישות שונות וניתוחים לטיפול בדליפות שתן. הגישה הניתוחית - פתיחת בטן, ניתוח זעיר-פולשני (לפרוסקופי) או ניתוח דרך הנרתיק - מותאמת לכל מטופלת באופן ספציפי בהתאם למצבה הרפואי כדי להבטיח עד כמה שאפשר את יעילותו של הניתוח ואת בטיחות המטופלת.