רופאים נדרשים לעיתים קרובות לאבחן תלונות על כאבי בטן ושלשול קל הנובעים לרוב מסיבות תפקודיות כגון תסמונת המעי הרגיז, אי סבילות ללקטוז והשפעות חולפות של זיהומי מעי. השיקול אם להפנות מטופלים אלה לבדיקות חודרניות של קולונוסקופיה וגסטרוסקופיה כדי לשלול מחלות מעי דלקתיות (קרוהן וקוליטיס כיבית) תלוי בדרגת החשד הקליני. מחלות אלה מתבטאות לעיתים בתלונות לא טיפוסיות, דבר העלול להשהות את משך הזמן מהופעת התלונות ועד האבחנה והטיפול. מחקרים הראו שמשך האבחנה של מחלת קרוהן עלול להיות כשנה ואף יותר.
ניתן לבדוק מדדי דלקת בדם (בעיקר CRP - C-Reactive Protein) ושקיעת דם (ESR) כסמנים לא ישירים אך אלה לא מדויקים דיים. כרבע מהחולים במחלות מעי דלקתיות עם דלקת קלה מקבלים תוצאות תקינות לחלוטין בבדיקות דם (והדבר נכון במיוחד לקוליטיס כיבית). הצורך לאבחן במדויק את רמת הדלקת במעי קיים גם בזמן מחלה מאובחנת וידועה. לא תמיד התלונות משקפות את מצב הדלקת במעי והדבר נכון במיוחד במחלת קרוהן. קיימים מחקרים חדשים המצביעים על קשר ברור בין הגעה למצב של ריפוי הדלקת ברירית המעי (Mucosal Healing) לבין פרוגנוזה טובה יותר של היעדר פעילות המחלה וסיבוכיה. לכן אנו מעוניינים לדעת, מעבר לתלונות המטופל, גם מה מצב המעי עצמו. לשם כך עומדות לרשות המטפל בדיקות ייעודיות למחלות מעי דלקתיות כגון קלפרוטקטין בצואה וסרולוגיה בדם. בנוסף, קיימות בדיקות חדשניות שעוזרות לתכנן את הטיפול התרופתי באופן פרטני לכל מטופל ומטופלת.