הפגייה במרכז הרפואי שערי צדק מטפלת בילודים הנולדים החל מהשבוע ה-23 להיריון. המתחם כולל 70 עריסות הניתנות לבידוד (בנוסף ל-20 עריסות בפגייה שבשלוחת ביקור חולים), מכשור מתקדם, צוות מיומן ומכשיר MRI ייחודי לפגים. חדר מיוחד עומד לרשות ההורים ומכשיר אותם לקראת החזרה הביתה.
הפגייה מצוידת במכשירי הנשמה וניטור מהדור החדש אשר מתאימים את קצב ההנשמה לנתוני הפג ונותנים מידע מדויק בכל רגע נתון על כל אחד מהתינוקות המאושפזים, והיא היחידה בארץ המצוידת במכשיר MRI המותאם במיוחד לפגים. עוד עומדים לרשות הפגייה אינקובטורים מתקדמים, המספקים חום והגנה לתינוק גם במצב פתוח. האינקובטורים מצוידים במנשם וציוד ניטור וניתן לניידם אל חדר הלידה על מנת להעניק לפג את התנאים המיטביים מרגע לידתו. כל אלה מספקים מגוון רחב של אפשרויות מעקב וטיפול.
לאחיות המחלקה ניסיון רב-שנים בטיפול בילודים בכלל ובפגים בפרט והן מעניקות לכל תינוק, יחד עם משפחתו, טיפול אישי, סבלני ומסור.
בכל שבוע עורך צוות הפגייה ישיבה משותפת עם צוות המחלקה למיילדות על מנת להיערך ללידתן של נשים המאושפזות בסיכון גבוה ללידת פג. תהליך המיון (טריאז') בפגייה הוא מודל ייחודי שפותח בשערי צדק, במסגרתו עובר כל פג הליך אבחון מסודר שנמשך לא יותר מארבע שעות ובמהלכו מתקבלת ההחלטה הראשונית על אופי הטיפול (טיפול נמרץ פגים, מחלקת טיפול ביניים, או שחרור אם התינוק מתברר כבריא).
5%-10% מהתינוקות נולדים פגים ואך טבעי הוא שמרכז הלידות הגדול בישראל יפעיל פגייה מתקדמת וגדולה בהתאם. שיעור הפגוּת בלידות בשערי צדק הוא מהנמוכים בישראל, פועל יוצא של השיפור הרב ביכולות הטיפול והמעקב לפני הלידה והקפדה יתרה על תחום ההפריה החוץ-גופית. למרות זאת, בכל רגע נתון מטופלים במחלקה לטיפול נמרץ יילודים (פגייה) יותר מ-50 פגים. במהלך תכנון בניין הדור הבא של בית החולים נלקח בחשבון הגידול הצפוי והצרכים העתידיים של אוכלוסיית ירושלים והפגייה החדשה נבנתה על מנת לענות על צרכים אלה.
צוות הפגייה פועל מתוך רגישות רבה למצוקת ההורים, שנאלצים לפעמים להשאיר את ילדם למשך זמן רב בפגייה. הפגייה פתוחה לביקורי הורים וקרובי משפחה מסביב לשעון ויש בה חלל נפרד למשפחות ומקום לשהיית בני משפחה בסמוך לכל אינקובטור בחדרי האשפוז. לרשות המשפחות עומדים גם חדרי אמבטיה, כורסאות להמתנה ושינה וחדרי הנקה לשאיבת חלב. מתוך דאגה לרווחת המשפחה ומודעות לקשיים הרבים העולים עם שחרור התינוק והבאתו הביתה, הוקמו בפגייה שני חדרי הסתגלות, ראשונים מסוגם בישראל, שנועדו להכין את ההורים לשינוי הצפוי. הורים יכולים לישון בחדר ההסתגלות יחד עם תינוקם בלילה האחרון לאשפוזו, כאשר הצוות הרפואי זמין לתת מענה במידת הצורך. נמצא שהחדר מקל על חששות ההורים לקראת השחרור וההתרחקות מההשגחה הרפואית הצמודה ובונה את ביטחונם העצמי ביכולתם לטפל בעצמם בילד.
לאחר השחרור התינוק מוזמן למרפאת מעקב רב-צוותית הכוללת ניאונטולוג, קלינאית תקשורת ופיזיותרפיסט. תדירות המעקב מותאמת למצבו הרפואי של הילד.