המחלקה לכירורגית ילדים במרכז הרפואי שערי צדק נותנת שירותים כירורגיים לכל אוכלוסיית הילדים המגיעה לבית החולים. לרופאי המחלקה מומחיות נרחבת במורכבות של ניתוחי ילדים, לצד העדינות והרוך הנדרשים לטיפול פולשני באוכלוסייה כה רגישה, טיפול שאינו פשוט להכלה עבור מבוגרים לא כל שכן ילדים. 
ביחידה מבוצעים מגוון ניתוחים בתחומים הבאים:
•    ניתוחים במצבים דחופים שמתקבלים דרך חדר המיון כגון דלקת חריפה של התוספתן, בקע כלוא, התפשלות המעי, וכן במקרי טראומה.
•    ניתוחים של מצבים מולדים: בקע מפשעתי, בקע טבורי, אשך טמיר, אנומליות מולדות קשות כגון אטמות של הוושט, התריסריון או מעי דק, אטמות פי הטבעת, תסביב המעי, בקע סרעפתי, פגמים בדופן הבטן, מחלת הירשפרונג, היצרות השוער ועוד.
•    מצבים דחופים בפגייה כגון דלקת נמקית של המעי, ומצבים דחופים אחרים שקשורים בפתיחת בטן וכריתת מעי.
•    ניתוחי גידולים שונים בילדים, בין היתר כריתת גידולים והחדרת צנרת מתאימה לווריד לשם מתן טיפול משלים.
•    מצבים ניתוחיים באזור הראש והצוואר וכן ניתוחי חזה הדורשים כריתת ריאה.
•    מחלות באזור שסביב פי הטבעת.
•    ניתוחים שמטרתם למנוע ריפלוקס מהקיבה לוושט.