המחלקה מטפלת בשיטות המתקדמות ביותר בכל מגוון מחלות הכליות ודרכי השתן בגברים ובנשים כמו גם בדרכי המין בגברים. בכלל זה גידולים שפירים וממאירים וציסטה בכליות, בכיס השתן ובערמונית, אבנים בדרכי השתן, דלקות וזיהומים בדרכי השתן והפרעות בשליטה ובמתן השתן. המחלקה מוכרת כמרכז מצוינות ארצי בניתוחים לשחזור דרכי השתן בכלל והשופכה והפין בפרט. 
המחלקה והמכון האורולוגי עוסקים בכל תחומי הטיפול במחלות אורולוגיות, כלומר מחלות בדרכי השתן בגברים ונשים ודרכי המין בגברים.
לצד פעילות המחלקה פועלות מרפאות 
נוירואורולוגיה ואורודינמיקה, אורו-גניקולוגיה (אי שליטה בשתן בנשים) ומרפאת אבנים בדרכי השתן.