המכון האונקולוגי המשולב במרכז הרפואי שערי צדק מציע שירות למטופלים המתמודדים עם סרטן בהתאם לשלבי המחלה השונים:
שלב האיבחון
הגדרת תוכנית הטיפול
מתן טיפולים תרופתיים,כולל טיפולים כימותרפיים, הורמונליים וביולוגיים
טיפול תומך והקלה בתסמיני המחלה ותופעות הלוואי של המטופלים
טיפול בכאב וטיפול תומך בחולה עם מחלה מתקדמת
המכון האונקולוגי אחראי על תחום האונקולוגיה במטופלים מבוגרים בביה"ח ועוסק בכל סוגי מחלות הסרטן למעט אלו הפוגעים במערכת הדם והלימפה הנמצאים בתחום ההמטולוגיה (באלה מטפלים באשפוז יום פנימי המטולוגי למבוגרים או במחלקת האשפוז האונקולוגית-המטולוגית). 
המכון יוזם מחקרים קליניים רבים המיועדים למטופלים בשערי צדק ונוטל בהם חלק.
תחת המכון פועלת המעבדה לאונקולוגיה ניסויית בה עוסקים בפיתוח תכשירים חדישים לטיפול בסרטן.
המכון מקיים יעוצים שוטפים עם המחלקות השונות בביה"ח, כדי להקנות למטופלים טיפול רב –תחומי מתקדם.