במהלך הניתוח עלול להיגרם דימום שיצריך במקרים מסוימים התערבות באמצעות מחט חשמלית לצורך עצירתו. במקרה כזה תונח על אמת יד ימין של המטופל מדבקת הארקה המשמשת לסגירת המעגל החשמלי ולמניעת התחשמלות. על המטופל ליידע את המנתח אם בגופו מותקן קוצב לב כדי למנוע הפרעה לפעולתו במהלך הטיפול.
מספר שעות לאחר סיום הניתוח עלול להופיע דימום הנובע מהיעלמות האדרנלין שהוזרק עם חומר ההרדמה. חשוב להבחין בין הפרשה דמית הצובעת את התחבושת באדום ובין דימום שפירושו שהתחבושת מתמלאת בדם ודם מתחיל לטפטף אל מחוץ לתחבושת. הפרשה דמית צפויה לאחר כל ניתוח. אין לה חשיבות והיא לא מצריכה להתערבות כלשהי. לעומת זאת כאשר מופיע דימום יש להחליף את התחבושת החיצונית וללחוץ על מקום הפצע ללא הפוגה במשך 15-20 דקות. אם הדימום לא פסק, יש לחזור על הפעולה ואם הדימום עדיין נמשך יש ליצור קשר עם המנתח או עם בית החולים (במכתב השחרור מצויים טלפונים להתקשרות).
לאחר ניתוחים בחלק העליון של הפנים מופיע לעיתים קרובות שטף דם מתחת העין ("פנס"), לרוב בצד המנותח, ולעיתים בשני הצדדים, כאשר הניתוח היה באזור מרכז הפנים. תופעת לוואי זו נובעת מכך שהרקמה מתחת לעין היא ספוגית ויש לה אפשרות לקלוט את הדם שנותר ברקמה לאחר הניתוח או תוצרי דימומים קטנים שנמשכו לאחר הניתוח. אין לתופעת לוואי זו חשיבות והכתם והנפיחות נעלמים לרוב תוך 7-10 ימים לכל היותר.
פגיעה בעצב במהלך הניתוח עלולה לגרום להפרעה בתחושה באזור הניתוח, ובמקרים נדירים אף חולשת שרירים מקומית. במרבית המקרים בהם הגידול מערב עצב משמעותי המנתח יסביר למטופל את השלכות המשך הניתוח לאור הפגיעה הצפויה בעצב ויקבל את הסכמתו להמשך הניתוח. בחלק מהמקרים עלולים להיפגע עצבים קטנים שהמנתח לא הבחין בהם. עצבים אלה לרוב אחראים על אזורים קטנים והפגיעה בהם אינה גורמת להפרעה תפקודית או תחושתית משמעותית. במרבית המקרים לאחר מספר חודשים התחושה באזור המנותח חוזרת לתיקנה.
שימוש בהרדמה מקומית עלול אף הוא לגרום לתופעות לוואי, מקלות ביותר ועד מסכנות חיים במקרים נדירים ביותר, על רקע אלרגיה של החולה לחומר ההרדמה. חומר ההרדמה מכיל גם אדרנלין שתפקידו לגרום לכיווץ העורקים במקום הניתוח למניעת פיזור חומר ההרדמה ולהפחתת הדימום מהרקמה. למרות שמדובר בריכוז נמוך ביותר של החומר, אצל חלק מהחולים עלולות להופיע דפיקות לב מהירות ותחושת חרדה. תופעת לוואי זו חולפת לאחר זמן קצר ואין לה כל חשיבות.
במקרים נדירים יתכן זיהום בפצע הניתוח שיצריך ניקוז או טיפול אנטיביוטי. סימני הזיהום הם כאבים, חום מקומי או סיסטמי, אודם סביב הפצע ונפיחות. במקרים שבהם נסיבות הניתוח, משכו, גודל הפצע או מיקומו מעלים את הסיכון להתפתחות זיהום, המנתח יורה למטופל ליטול טיפול אנטיביוטי מניעתי מיד בסיום הניתוח. במקרים בהם התפתחו סימני זיהום גם בעת טיפול אנטיביוטי, יש להודיע למנתח מוקדם ככל האפשר על ההתפתחות.
באופן נדיר ביותר איחוי הפצע עלול להיות איטי במיוחד, מופרע או לא תקין. במצבים כאלה יש להודיע על ההתפתחות למנתח כדי שאפשר יהיה לנקוט צעדים לתיקון המצב. במרבית המקרים התיקון הוא פשוט והתוצאה הסופית תהיה טובה מאוד. חלק מהסיבוכים הנ"ל עלולים להיות מלווים בכאב ואי נוחות מקומית. במקרה של כאב שאינו חולף, מחמיר, או שאינו מגיב לטיפול נוגד הכאב שהומלץ בתום הניתוח, מומלץ לפנות למנתח כדי שישקול התוויית טיפול יעיל יותר למניעת הכאב או יזמן לבדיקה כדי לוודא שהכאב אינו קשור לאחד הסיבוכים האחרים המצריכים טיפול בשלב מוקדם.
חשוב לדעת כי אין טיפול המבטיח 100% ריפוי לסרטן עור, וגם בשיטת מוס תיתכן חזרה של הגידול באחוזים בודדים.