המכון לנפרולוגיה במרכז הרפואי שערי צדק מספק טיפול לסובלים ממחלות כליה סופנית, כולל טיפולי המודיאליזה, דיאליזה פריטונאלית והכנה להשתלת כליה ומקיים מרפאה המייעץ לכל מחלות הכליה וליתר לחץ דם. בנוסף מספק המכון ייעוץ למחלקות האשפוז השונות בבית החולים וניתן לקבל בו שירות דיאליזה דחופה במקרה הצורך. רופאי המכון משלבים רמה גבוהה ביותר של רפואה עדכנית עם החסד והרחמים המאפיינים את שערי צדק.  
המכון הוא מרכז מצוינות הפונה באופן יזום לרופאי משפחה בקהילה לשם עידוד זיהוי מוקדם וטיפול במחלות כליה כרוניות (CKD). מחלות כליה כרוניות הן בעיה חמורה בתחום בריאות הציבור. כ-10% מהאוכלוסייה הבוגרת סובלים ממחלה סמויה. מכיוון שאינם מודעים לכך שהם מצויים בסיכון, הם לא ניגשים לבצע בדיקות שתן ודם מתאימות. 
המכון פתוח למבקרים מהארץ ומחו"ל, כולל תיירים הזקוקים לדיאליזה (בתיאום מראש). (ראו דרכי התקשרות)

ביחידה מאובחנות ומטופלות כל מחלות הכליה:
•    מחלת כליות כרונית (Chronic Kidney Disease)  
•    מחלת כליה סופנית (End Stage Renal Disease)
•    נזק כלייתי חד (Acute Kidney Injury) /אי-ספיקת כליות חדה (Acute Renal Failure) 
•    יתר לחץ דם מסובך או עמיד לטיפול 
•    סיבוכים כלייתיים של מחלות סיסטמיות 
•    הפרעות במלחי הדם ובמאזן חומצי בסיסי